Profesor adjunto de gestión enla Universidad de Uagadugú de 1987 a 1989, Zéphirin Diabré se incorporó al sector privado como director de relaciones humanas de la Société burkinabé de brasseries du Burkina (Sobbra), del grupo francés Castel, de 1989 a 1992. Ese año fue elegido diputado a la Asamblea Nacional por laOrganización para la Democracia Popular/Movimiento del Trabajo (ODP/MT ), el partido del Presidente Blaise Compaoré.
Un mes después, fue nombrado Ministro de Industria, Comercio y Minas en el gobierno del Primer Ministro Youssouf Ouédraogo.
En 1997, se incorporó ala Universidad de Harvard y trabajó como profesor de investigación con Jeffrey Sachs, centrándose en el futuro de las economías africanas. El 15 de enero de 1999, fue nombrado Director General Adjunto del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) por Kofi Annan, entonces Secretario General de las Naciones Unidas.
En febrero de 2006, Zéphirin Diabré se incorporó al grupo AREVA como Presidente de África y Oriente Medio, y asesor en asuntos internacionales de la Presidenta, Anne Lauvergeon. También preside un grupo de reflexión del Medef sobre materias primas. En 2011, dejó el grupo para establecerse como consultor internacional en el campo de la financiación minera.
Es miembro del Consejo de Supervisión y Evaluación de la Fondation pour l'innovation politique.